Masjid Agung Sumenep dibangun pada masa pemerintahan Panembahan Sumolo. Pembangunannya memerlukan waktu sekitar 8 tahun, dimulai dari tahun 1779 dan selesai tahun 1787. Sejak berdiri hingga sekarang masjid tersebut tetap menjadi anutan dalam pengembangan syiar Islam di Kabupaten Sumenep. Masjid yang memiliki arsitektur yang indah dan khas (memiliki perpaduan antara gaya Islam, Eropa, dan Cina) ini merupakan salah satu dari sepuluh masjid tertua di Indonesia.
Diantara masjid dan keraton terdapat tanah lapang yang oleh masyarakat setempat disebut alon-alon. Makna simbolik dari keberadaan masjid yang ada di bagian barat alon-alon adalah Hablum Minallah (hubungan antara manusia dengan Sang Penciptanya). Sedangkan, makna simbolik dari keberadaan keraton yang di bagian timur alon-alon adalah Hablumminannas (hubungan antarmanusia). Ini artinya, jalinan hubungan yang harmonis antara ulama dan umaro sudah tercipta sejak masa lalu.